位于同一染色体的不同基因

同一染色体上的基因位置紧密相连，遗传时往往一起传递。人类第21号染色体包含约230个基因，包括导致唐氏综合征的额外基因副本。果蝇X染色体上有约2000个基因，控制性别决定和眼睛颜色等特征。玉米第9染色体上有控制籽粒颜色和淀粉类型的基因，育种时这些特性常同时出现。细菌染色体上的抗生素抗性基因经常聚集在一起，加速耐药性的传播。

这些基因间的物理距离影响重组频率。人类ABO血型基因位于9号染色体短臂，距离越远的基因重组概率越高。小鼠第17号染色体上的免疫相关基因簇包含超过100个基因，共同调节免疫系统功能。番茄第5染色体上的果实成熟基因连锁区控制软化、颜色和香味变化。酿酒酵母第3染色体上的代谢基因排列成功能模块，提高能量利用效率。