碱基有三种常见性质

碱基具有酸碱性、氢键配对能力和紫外吸收特性。酸碱性方面，腺嘌呤和鸟嘌呤属于碱性，胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶则呈弱酸性。氢键配对上，A与T形成2个氢键，G与C形成3个氢键，这种精确配对确保DNA双螺旋结构的稳定性。紫外吸收方面，260纳米波长下，碱基能强烈吸收紫外线，这一特性被广泛应用于核酸定量检测和DNA测序技术中。

碱基还具有疏水性和堆积作用。疏水性使碱基倾向于聚集在DNA内部，远离周围的水分子环境。这种疏水相互作用是维持DNA双螺旋结构稳定的重要因素。碱基堆积作用表现为平面环状结构的碱基像扑克牌一样层层叠放，相邻碱基间的范德华力提供了额外的结构稳定性，这种堆积方式在DNA双螺旋中每3.4个碱基完成一次完整旋转，形成约10个碱基对的完整螺旋周期。